Windows Authentication ou Autenticação Integrada no PHP não poderia ser tão fácil.
Hoje ao ler uma entrevista com Manuel Lemos da Microsoft, ele explicou como é simples o funcionamento do recurso em sistemas PHP.
Como integrar o Windows Authentication no PHP?
Se você roda o php no IIS, para ativar o recurso basta ativar a autenticação NTLM em páginas PHP.
No Apache, para ativar o recurso, basta ativar o módulo mod_ntlm no seu httpd.conf.
O módulo para o Apache pode ser baixado em http://modntlm.sourceforge.net/.
Feito isso, basta usar a variável de servidor $_SERVER['LOGON_USER'] para recuperar o nome do usuário logado e checar se ele tem acesso à area ou módulo em questão.
Fácil né?